最愛の巫女・花夜を喪い、傷心のままあてもなく旅するヤトノカミ……。
そんな彼に訪れた偶然の再会が、彼を再び花夜の眠る花園へと導く。
百数十年ぶりに訪れたその花園で彼を待っていた光景は……。
『ヤトノカミ』は『夜刀神』となり、花の種を広める旅が始まる……。